こんにちは。
私ESX4.1からのユーザなのでvmkfstools -i FreeNAS.vmdk ../../nas1/test.vmdk なんていうコマンドが思いつくのですがESX4.0にはそのようなコマンドがあるかどうかもわかりません。
4.0 でも該当のコマンドはあったと記憶しておりますが、バックアップとおっしゃっているのはvmdkだけ取得できればよいのでしょうか？
それとも、仮想マシンとして復旧可能な状態にしたいということではございませんか？
VCBを使うというのはいかがでしょうか？(General support期間は過ぎてますので、あくまで参考意見となりますが。。。）
http://www.vmware.com/files/jp/pdf/support/VMware-esx4-virtual-machine-backup-guide_PG-JA.pdf
ゲストOSの中から引っこ抜く（ntbackupとかサードパーティとか）というのも可能ですね。
いずれにしても、vSphere 4はサポートのライフサイクルポリシー的に厳しいものがあるので、可能な場合はアップグレードしたほうが良いと思われます。